Ing. Alois Eliáš zaujímá v kontextu evropské protinacistické rezistence výjimečnou pozici – byl jediným ministerským předsedou okupovaného státu, který byl Němci odsouzen k trestu smrti a popraven. Do funkce premiéra nastupoval s pevným rozhodnutím organizovat odboj a s vědomím, že dříve nebo později bude prozrazen a zatčen. Dvojí hru se mu dařilo udržet obdivuhodně dlouho a navíc v době, kdy hitlerovské Německo vítězilo na všech frontách.
Eliášova vláda používala na počátku okupace úspěšnou rezistentní taktiku, pomocí níž zabránila nástupu kolaborantů do vedoucích funkcí a snažila se o maximální zachování práv českého státu. Např. po uzavření vysokých škol a uvěznění více než tisícovky studentů v listopadu 1939 zahájil premiér Eliáš s prezidentem Háchou sérii intervencí za jejich propuštění. „Výměnou“ za různá proněmecká písemná či rozhlasová prohlášení se jim postupně podařilo do března 1943 téměř všechny zatčené studenty zachránit.

V dubnu 1939 Eliáš konzultoval s generály Bílým, Vojcechovským a Ingrem vytvoření Obrany národa. Eliášovi podřízení poté vyvíjeli nezávisle na ON intenzivní zpravodajskou činnost, jejíž poznatky byly odesílány do zahraničí (skupina ministerského rady Zdeňka Schmoranze). Kontakt s exilovou vládou a Edvardem Benešem Eliáš udržoval prostřednictvím kurýrů a ilegální vysílačky, která byla ukrývána ve vile Eliášových ve Fetrovské ulici. V září 1941 se gen. Eliáš dokonce osobně podílel na fyzické likvidaci předního českého kolaboranta Karla Lažnovského.
Proti Eliášově odbojové činnosti pojali Němci podezření již na podzim 1939, ale dlouho se jim nedařilo získat přímý důkaz. Teprve když byla po pádu Francie v létě 1940 v dobyté Paříži nalezena část administrativy čs. emigrace, podezření úředníků pražského Gestapa se změnilo v jistotu. Říšský protektor von Neurath však Eliášovo zatčení oddálil s tím, že by toto opatření narušilo hospodářskou stabilitu protektorátu.

Generál Eliáš byl zatčen až v sobotu 27. září 1941, v den příchodu nového říšského protektora Reinharda Heydricha. Po převozu do Petschkova paláce byl premiér podroben dlouhotrvajícím brutálním výslechům, v jejichž průběhu musel být ošetřen v SS lazaretu v Podolí.
Eliášova manželka Jaroslava později ve svých vzpomínkách uvedla: „V úterý 30. září odpoledne mě odvezli do Petschkova paláce, kde jsem se setkala s Leškem. Když mě uviděl, rozčilením zrudl, ale pak se na jeho tváři objevila smrtelná bledost; byl na něho smutný pohled. ... V obličeji nebyl potlučený, nějaké viditelné násilí na něm nebylo patrné, ale únavou a vyčerpáním se sotva pohyboval. Viděla jsem, že na bělmu očí má potrhané žilky. Bylo mi do pláče. Jinak byl klidný, sebejistý a vyrovnaný. Směl mě políbit a podat mi ruku. ... Odkud tě přivezli? Z SS lazaretu, všechna lidská fantazie je slabá...“

Dne 1. října byl uspořádán v budově gestapa v Petschkově paláci uzavřený soudní proces, při kterém byl Alois Eliáš za vlastizrádnou činnost proti německé říši odsouzen k trestu smrti. Po intervenci protektorátního prezidenta Háchy a žádosti o milost u říšského kancléře Hitlera byla poprava odložena a Eliáš zůstal uvězněn jako rukojmí. Jeho osud se naplnil po provedení atentátu na válečného zločince Heydricha. Generál Eliáš byl popraven 19. června 1942, den poté, kdy v úkrytu v pražské Resslově ulici padli v boji s německou přesilou čsl. parašutisté, kteří Heydricha odstranili.

Po nástupu do funkce protektorátního premiéra se Eliáš v soukromí údajně vyjádřil, že velikost jeho oběti národ ocení nejdříve za 50 let. Odhad se ukázal být obdivuhodně přesným – v průběhu komunistické totality byl tento přední odbojář označován za „kolaboranta, exponenta české buržoazie a zrádce národní věci“. Ke generálově plné rehabilitaci došlo teprve po roce 1990; ostatky Aloise Eliáše a jeho manželky Jaroslavy byly se všemi státními poctami uloženy v Národním památníku na pražském Vítkově až 7. května 2006.