Generál Antnonín Pavlík byl zatčen 21. května 1943 gestapáky Mayerem a Laufkem na kolínském úřadu práce, kam byl vylákán fiktivním dopisem. Po věznění v Kutné Hoře byl převezen do budovy okresního soudu v Kolíně, kde byl gestapem podroben krutým výslechům a kde v noci z 12. na 13. června 1943 zemřel. Gestapo uvedlo v úředních dokumentech jako příčinu úmrtí sebevraždu, ale o skonu generála Pavlíka se dochovala dvě nezávislá svědectví, která uvádějí, že generál Pavlík zemřel při potyčce:

„Dne 12. června 1943 jsem byl převezen z policejního vězení v Malé pevnosti v Terezíně v jiné záležitosti ke kolínskému gestapu. Tato „jiná záležitost“, jak mi bylo před odchodem pošeptáno jedním spoluvězněm, zaměstnaným v kanceláři, byla záležitost generála Pavlíka. O věci jsem byl již několik dní před tím zpraven dopisem podloudně dodaným do tábora jinému spoluvězni. Jak mohu z dalšího vývoje věcí soudit, jednalo se tenkrát asi o konfrontaci mezi mnou a generálem Pavlíkem. Když jsem stál na chodbě policejního vězení v Kolíně, bylo moje jméno hlasitě voláno, takže – byl-li generál Pavlík přítomen, patrně v cele č. 7 – musil to slyšeti. V tu chvíli jsem neměl tušení, že tam jest. Jeden ze spoluobyvatelů cely č. 10, tedy cely nejdále položené od cely č. 7, kam jsem byl odveden, mě však v tom utvrdil. V kritický den jsme šli na lůžko, jak bylo obvykle, ve 21 hodin. Asi za hodinu, podle mého odhadu kolem 22. hodiny, byl jsem probuzen i s ostatními v cele hlukem. Měl jsem dojem, jako by dva silní muži zápasili a to na chodbě v části od naší cely vzdálené. Slyšel jsem oddychování, zvuky, jako když těla padají na zem nebo narážejí na stěny chodby. Slyšel jsem jakoby řinčení rozbíjených oken, potom tři rány z pistole po sobě rychle následující a pak ještě jednu. Potom byl klid. Za malou chvíli zas jsem slyšel hlas, volající snad z otevřeného okna na ulici nebo ze dvora německy: „Pomoc, pomoc, byl jsem přepaden, tajná policie sem“. Po delší době jsem zaslechl šum, jakoby nějací lidé odnášeli břímě. Jest mým přesvědčením, že v tu dobu v noci ze dne 12. na 13. června 1943 zemřel v policejním vězení v Kolíně hrdinnou smrtí generál Pavlík. Z opatrnosti jsem se o svých zážitcích nikomu nesvěřil. Zdá se, že při výslechu ve věci generála Pavlíka vyslýchající předpokládali, že nevím o smrti hrdiny, mluvili o konfrontaci s ním, ale již k ní nemohlo dojít. Byl to snad jediný případ důstojníka, který po zatčení zemřel v boji na domácí frontě s ozbrojeným nepřítelem."

(Příspěvek plk. Plachého z publikace „Několik listů k druhému výročí revoluce“, Kolín 1947)

„Pan František Václavík, bývalý kolínský městský policista, který však již dlouho nežije, míval službu jako dozor při promítání filmů v kině pana France, pozdějším kinu Oko. Tento dozor byl za 2. světové války nařízen německými okupanty. Jednoho dne se během promítání dostavil do kina neznámý člověk a ohlásil p. Václavíkovi, že ze soudní budovy ve Václavské ulici, která je od kina vzdálena cca 100 m, je z oken kanceláře gestapa slyšet volání o pomoc a střelbu.
Když p. Václavík vešel v soudní budově do určité kanceláře, odkud bylo údajně voláno o pomoc a slyšena střelba, viděl toto – na podlaze ležel zastřelený generál Pavlík a nad ním stál s pistolí v ruce jeden gestapák. Za stolem seděl druhý gestapák, držel si hlavu v dlaních a hlasitě naříkal bolestí. Jak následně p. Václavík zjistil, byl již druhý den ve dne i v noci nepřetržitě prováděn velmi brutální výslech generála Pavlíka, který byl přivázán za ruce k háku ve zdi. Častým používáním při mlácení vyšetřovaných obětí gestapa se tento hák uvolnil, čehož mučený generál Pavlík využil, vytrhl jej ze zdi a praštil s ním vyslýchajícího gestapáka přes hlavu. Nato se zmocnil jeho pistole ležící na stole a na lotra vystřelil. Protože však byl v důsledku krutých výslechů velice zesláblý, nezasáhl ho. Z chodby se nato přiřítil další gestapák, který generála Pavlíka zastřelil.
Pan Václavík opakovaně říkal, že byl k tomuto případu po konci 2. světové války několikrát vyslechnut vyšetřovatelem tehdejší SNB a že o případu vypovídal velmi podrobně. Domníval se tedy, že by se jeho výpověď mohla nalézt v nějakém policejním archivu."

(Jiří Gritzer: Svědectví o zavraždění generála Pavlíka gestapem, Kolín 2008)